Non tutti i cibi vengono digeriti allo stesso modo e con gli stessi tempi. È questa la regola fondamentale che sta alla base delle combinazioni alimentari. La digestione avviene ad opera di sostanze particolari, chiamate enzimi, che scindono gli alimenti nei loro costituenti fondamentali. Nell'organismo ci sono numerosi enzimi ed ognuno specifico per ogni sostanza. Questo schema, seppur limitato, può aiutare a comprendere la complessità del processo digestivo. Ciascun enzima necessità di specifiche condizioni di acidità (pH) per poter agire al meglio: ad es. la ptialina funziona meglio in ambiente alcalino, la pepsina meglio in uno acido. Quando viene ingerito un alimento si dovrebbero creare le condizioni ideali di acidità affinché l'ambiente sia il più idoneo possibile per favorire l'attività enzimatica. Ma se si associano nel pasto alimenti che hanno esigenze digestive diverse, se non addirittura opposte, questo non può avvenire con il risultato che la digestione è più lenta e difficoltosa e con una serie di sequele a ciò connesse: sonnolenza post-prandiale, bruciore gastrico, senso di pesantezza, gonfiore e meteorismo.
Impostare la propria condotta alimentare secondo i principi delle combinazioni alimentari vuol dire cercare di associare, durante il pasto, alimenti che richiedono condizioni digestive simili, in modo da semplificare il più possibile il lavoro enzimatico.